Высшим органом управления Совета является Съезд (Общее собрание членов) Совета, который созывается по мере необходимости, но не реже одного раза в 3 года.
Высшим должностным лицом Совета является Председатель Совета, а исполнительным органом управления Исполнительный директор.
Правление Совета — коллегиальный руководящий орган, постоянно действует от имени Совета в период между Съездами и имеет право принимать решения по всем вопросам деятельности Совета, не отнесенным к исключительной компетенции Съезда Совета.
Ревизионная комиссия осуществляет контроль над соответствием деятельности органов управления Совета уставным целям и задачам, решениям Съезда, законностью и эффективностью использования средств и имущества Совета, законностью и эффективностью финансово-хозяйственной деятельности.
Палаты Совета являются органом управления Совета, который вправе рассматривать вопросы и принимать решения от имени Совета, выражающие и защищающие общие интересы соответствующего типа муниципальных образований.
Палаты:
- городских округов и муниципальных районов;
- городских поселений;
- сельских поселений.
Комитеты осуществляют изучение и мониторинг проблематики вопросов местного самоуправления по основным направлениям деятельности муниципальных образований и отраслям муниципального хозяйства.
Комитеты:
- по нормотворчеству и правовым вопросам;
- по бюджету и финансам;
- по экологии;
- по жилищно-коммунальному хозяйству;
- по социальным вопросам и общественным связям.